Un ensemble d’animaux naturalisés, d’insectes, de préparations ostéologiques et microscopiques, de planches anatomiques est conservé dans le b?timent de biologie animale. Une convention entre la ville de Clermont-Ferrand et l’Université Clermont Auvergne permet une collaboration avec le muséum d’histoire naturelle Henri-Lecoq.

L’ensemble des collections entomologiques ainsi que quelques spécimens exceptionnels ont été déposés au musée pour y être restaurés, inventoriés et étudiés. Les enseignements de l’Université peuvent utiliser des spécimens des collections du musée.