Laboratoire de G¨¦n¨¦tique, Diversit¨¦, ?cophysiologie des C¨¦r¨¦ales
UMR 1095 / UCA
- Adresse :
- Site Crou?l
5, Chemin de Beaulieu
63039 CLERMONT-PT招财进宝
- T¨¦l :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
- Adresse :
- Campus Universitaire des C¨¦zeaux
TSA 60026 - CS 60026
1, Impasse Am¨¦lie Murat
63178 AUBIERE
- T¨¦l :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Jerome SALSE
- Directeur Adjoint
- Pierre BARRET
- Directeur Adjoint
- Jacques LE GOUIS
- Directrice Adjointe
- Catherine RAVEL
- Gestionnaire d'unit¨¦
- Lucie SAVOCA lucie.savoca@uca.fr
Composition ¨¦quipe ( effectif total : 86 )
- BONHOMME Ludovic -
- BOUDET Julie -
- MARLIAC Gaelle -
- MOUZEYAR Said -
- PIQUET Agnes -
- ROCHE EYHERAGUIBEL Jane -
- ALLARD Vincent -
- BLANCON Justin -
- BOUCHET Sophie -
- CHARMET Gilles -
- CIVAN Peter -
- LANGIN Thierry -
- LE GOUIS Jacques -
- LECARPENTIER Christophe -
- SAINTENAC Cyrille -
- SALSE Jerome -
- SANO Naoto -
- SOURDILLE Pierre -
- BARRET Pierre -
- BLANCHET Guillaume -
- BOUGUENNEC Annaig -
- CHOULET Frederic -
- GIROUSSE Christine -
- MARIN Pierre -
- OURY Francois Xavier -
- PONCET Charles -
- RAVEL Catherine -
- BANCEL Emmanuelle -
- BARGOIN Kevin -
- BERNARD Stephane -
- CALVAYRAC Catherine -
- COSTON Amelie -
- DEBITON Clement -
- DENEFLE Michael -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- GAUTIER Veronique -
- LASSERRE ZUBER Pauline -
- LELOUP Fabien -
- NADAUD Isabelle -
- PONT POULET Caroline -
- RANOUX Marion -
- RIMBERT Helene -
- TIXIER LEYRE Patricia -
- OZTURK PALA Hasret -
- ALVAREZ David -
- BARDY Lionel -
- BENEDIT Stephane -
- BERNARD Nathalie -
- BLANC Richard -
- BOYER Delphine -
- BRESSON Amelie -
- CAMBON Florence -
- CARRIAS DELOCHE Marion -
- CONFOLENT Carole -
- DUPUITS Celine -
- FAYE Annie -
- GEORGES Ludovic -
- HUNEAU Cecile -
- JAFFRELO Lydia -
- KITT Jonathan -
- LHOMMET Isabelle -
- MAGNAUDET Julien -
- MARCON Dominique -
- MARTIGNAC Valerie -
- MENECIER Clara -
- MERLINO Marielle -
- PARTIER Anne -
- PERROCHON Sibille -
- PHILIPPE Geraldine -
- ROUGEOL Severine -
- SAUVAT Stephane -
- SAVOCA Lucie -
- TASSY Caroline -
- ADAMIK Larissa -
- AHCHOUCH Fatima Zahra -
- AYILALATH Shimlal -
- BANOUH Meriem -
- BORJAS Aldo -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- DUPONT Maxime -
- FREY Caroline -
- HAQUET Camille -
- MAGLIARASCHI Ninon -
- RODRIGUES DE ARAUJO ALVES CRUZ Laila -
- SANGATA Rosie -
- UNVERICHT Marie -
Equipes
- G¨¦n¨¦tique et Recombinaison (GeCO) , Pierre SOURDILLE
- Centre de Ressources Biologiques (CRB) , Francois BALFOURIER
- Cultures des Plantes en Conditions Contr?l¨¦es (CPCC) , Stephane BERNARD
- Diversit¨¦ et G¨¦nomes (DiGen) , Etienne PAUX
- La Variance comme source de Stabilit¨¦ (VISTA) , Vincent ALLARD
- Maladies des c¨¦r¨¦ales (MDC) , Thierry LANGIN
- Pal¨¦og¨¦nomique et Evolution (Pal¨¦oEvo) , Jerome SALSE
- Plateforme de Bioinformatique (BIOINFO) , Frederic CHOULET
- Plateforme de Transg¨¦n¨¨se du Bl¨¦ (ValFon) , Pierre BARRET
- Plateforme de s¨¦quen?age et genotypage (Gentyane) , Charles PONCET
- Qualit¨¦ des grains (QualiGrain) , Jacques LE GOUIS
Th¨¨mes de Recherche
L¡¯Unit¨¦ Mixte de Recherche G¨¦n¨¦tique Diversit¨¦ Ecophysiologie des C¨¦r¨¦ales (UMR 1095 GDEC) associe l¡¯INRAE (D¨¦partements scientifiques BAP, AgroEnv, SPE, Centre Clermont Auvergne ¨C Rh?ne-Alpes) et l¡¯Universit¨¦ Clermont-Auvergne (UFR de Biologie, Collegium ? Sciences de la Vie, Sant¨¦, Environnement ?). Localis¨¦e sur le site Inrae de Crou?l (Clermont-Fd) et sur le Campus Universitaire des C¨¦zeaux (Aubi¨¨re), elle compte 80 permanents (68 Inra, 8 UCA, 3 VAS, 1 CNRS) et 30 ¨¤ 40 non permanents (Doctorants, Post-Doctorants, CDD, visiteurs). Elle est rattach¨¦e ¨¤ l¡¯Ecole Doctorale 65 Sciences de la Vie, Sant¨¦, Agronomie, Environnement, et impliqu¨¦e dans diff¨¦rentes formations, dont le Master de Biologie V¨¦g¨¦tale Plant Integrative Biology & Breeding (PIBB) et le Master de Microbiologie.
Les projets, d¨¦velopp¨¦s au sein de 6 ¨¦quipes de recherche aux th¨¦matiques interconnect¨¦es, sont focalis¨¦s sur le bl¨¦ tendre, esp¨¨ce mod¨¨le et d¡¯importance agronomique (2¨¨me c¨¦r¨¦ale au niveau mondial). A l¡¯interface entre recherche fondamentale et recherche finalis¨¦e, leur objectif commun est l¡¯am¨¦lioration de la qualit¨¦ et du rendement du bl¨¦ dans un contexte de transition agro¨¦cologique et de changements climatiques, avec comme principaux objectifs : (1) Progresser dans la connaissance de la structure, de l¡¯organisation, du fonctionnement et de l¡¯¨¦volution du g¨¦nome du bl¨¦ tendre, comprendre la gen¨¨se de nouvelles fonctions et/ou l¡¯¨¦volution de fonctions conserv¨¦es sp¨¦cifiques au cours de l¡¯histoire ¨¦volutive du bl¨¦ et plus largement des c¨¦r¨¦ales. (2) D¨¦crypter et mod¨¦liser les m¨¦canismes mol¨¦culaires et physiologiques impliqu¨¦s dans le contr?le de caract¨¨res agronomiques importants tels que rendement, qualit¨¦ du grain et r¨¦sistance/tol¨¦rance ¨¤ des stress biotiques (maladies) ou abiotiques (d¨¦ficience en azote, en soufre, changements climatiques, ¡). (3) Analyser et valoriser les ressources g¨¦n¨¦tiques, (4) Contribuer au d¨¦veloppement de nouveaux outils et m¨¦thodes de s¨¦lection (S¨¦lection g¨¦nomique), et int¨¦grer les connaissances acquises dans des mod¨¨les pour am¨¦liorer l¡¯efficacit¨¦ de la s¨¦lection vari¨¦tale. Ces projets s¡¯inscrivent dans les objectifs du Challenge 1 ? Concevoir et piloter des agro¨¦cosyst¨¨mes durables dans un contexte de changement global ? du projet I-SITE Clermont CAP 20-25.
L¡¯UMR GDEC dispose d¡¯infrastructures exp¨¦rimentales dot¨¦es des ¨¦quipements les plus r¨¦cents : Plateforme Strat¨¦gique Nationale Gentyane (S¨¦quen?age et g¨¦notypage haut d¨¦bit), Plateforme de Validation Fonctionnelle (transg¨¦n¨¨se bl¨¦s, collections de mutants, Genome Editing), Plateforme de production de mat¨¦riel v¨¦g¨¦tal en conditions contr?l¨¦es (enceintes et chambres climatiques, 1300 m2 de serres conventionnelles, 1000 m2 de serres S2), Centre de Ressources Biologiques C¨¦r¨¦ales ¨¤ paille (~27000 accessions), Plateforme de Bioinformatique, Service d¡¯Appui (gestion administrative, financi¨¨re, RH). Les exp¨¦rimentations en plein champ sont r¨¦alis¨¦es en collaboration avec l¡¯Unit¨¦ Exp¨¦rimentale INRAE PHACC, l¡¯UMR et l¡¯UE assurant la gestion de la Plateforme de Ph¨¦notypage haut d¨¦bit Pheno3C, qui permet l¡¯¨¦tude en condition de plein champ des interactions g¨¦notype x environnement, et de tester l¡¯impact de param¨¨tres clefs du changement climatique (stress hydrique, [CO2] atmosph¨¦rique).
Consid¨¦r¨¦e aujourd¡¯hui comme un leader incontournable en g¨¦nomique et g¨¦n¨¦tique des c¨¦r¨¦ales au niveau international, l¡¯UMR GDEC a d¨¦velopp¨¦ un r¨¦seau tr¨¨s dense de collaborations avec des partenaires acad¨¦miques et priv¨¦s.
Publications ( HAL )
- A cluster of putative resistance genes is associated with a dominant resistance to sunflower broomrape
Camille Pubert , Marie-Claude Boniface , Alexandra Legendre , Mireille Chabaud , S¨¦bastien Carr¨¨re , Caroline Callot , Charlotte Cravero , Isabelle Dufau , Mihaela Patrascoiu , Aur¨¦lie Baussart , Elodie Belmonte , V¨¦ronique Gautier , Charles Poncet , Jun Zhao , Luyang Hu , Weijun Zhou , Nicolas Langlade , Sonia Vautrin , Claire Coussy , St¨¦phane Mu?os - Exploitation des outils statistiques pour l'int¨¦gration des donn¨¦es omiques en biologie v¨¦g¨¦tale et animale
Emile Mardoc - The genomics of linkage drag in inbred lines of sunflower
Kaichi Huang , Mojtaba Jahani , J¨¦r?me Gouzy , Alexandra Legendre , S¨¦bastien Carrere , Jos¨¦ Miguel L¨¢zaro-Guevara , Eric Gerardo Gonz¨¢lez Segovia , Marco Todesco , Baptiste Mayjonade , Nathalie Rodde , St¨¦phane Cauet , Isabelle Dufau , S. Evan Staton , Nicolas Pouilly , Marie-Claude Boniface , Camille Tapy , Brigitte Mangin , Alexandra Duhnen , V¨¦ronique Gautier , Charles Poncet - The sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution
H¨¦l¨¨ne Badouin , Jerome Gouzy , Christopher Grassa , Florent Murat , S Evan Staton , Ludovic Cottret , Christine Lelandais-Briere , Gregory L Owens , Sebastien Carrere , Baptiste Mayjonade , Ludovic Legrand , Navdeep Gill , Nolan C Kane , John E Bowers , Sariel Hubner , Arnaud Bellec , Aur¨¦lie Berard , Helene Berges , Nicolas Blanchet , Marie-Claude Boniface - Estimating the frequency of virulence against an Stb gene in Zymoseptoria tritici populations by bulk phenotyping on checkerboard microcanopies of wheat near©\isogenic lines
Fr¨¦d¨¦ric Suffert , St¨¦phanie Le Prieur , Sandrine G¨¦lisse , Emmie Dzialo , Cyrille Saintenac , Thierry Marcel - Genetic architecture of a plant adaptive trait: QTL mapping of intraspecific variation for tolerance to metal pollution in Arabidopsis halleri
Marie-Joe Karam , Dima Souleman , M. Sol Schvartzman , Sophie Gallina , Julien Spielmann , Charles Poncet , Olivier Bouchez , Maxime Pauwels , Marc Hanikenne , H¨¦l¨¨ne Fr¨¦rot - Corrigendum: Investigating genetic diversity within the most abundant and prevalent non-pathogenic leaf-associated bacteria interacting with Arabidopsis thaliana in natural habitats
Daniela Ram¨ªrez-S¨¢nchez , Chrystel Gibelin-Viala , Baptiste Mayjonade , R¨¦mi Duflos , Elodie Belmonte , Vincent Pailler , Claudia Bartoli , S¨¦bastien Carrere , Fabienne Vailleau , Fabrice Roux - Meiotic Gene Evolution: Can You Teach a New Dog New Tricks?
Andrew Lloyd , Marion Ranoux , Sonia S. Vautrin , Natasha Marie Glover , Jo?lle Fourment , Delphine Charif , Fr¨¦d¨¦ric Choulet , Gilles Lassalle , William Marande , Joseph Tran Ngoc Danh , Fabienne F. Granier , Lise Pingault , Arnaud A. Remay , Catherine Charpentier , Harry H. Belcram , Boulos Chalhoub , Catherine C. Feuillet , Helene H. Berges , Pierre Sourdille , Eric E. Jenczewski - Integrative systems biology of wheat susceptibility to Fusarium graminearum uncovers a conserved gene regulatory network and identifies master regulators targeted by fungal core effectors
Florian Rocher , Samir Dou , G¨¦raldine Philippe , Marie-Laure Martin , Philippe Label , Thierry Langin , Ludovic Bonhomme - Maize green leaf area index dynamics: genetic basis of a new secondary trait for grain yield in optimal and drought conditions
Justin Blancon , Cl¨¦ment Buet , Pierre Dubreuil , Marie-H¨¦l¨¨ne Tixier , Fr¨¦d¨¦ric Baret , S¨¦bastien Praud